对“未批先建”违法行为，2014年修订的新《环境保护法》第六十一条增加了处罚条款，该条款与2002年发布实施的老《环境影响评价法》第三十一条相比，未规定“责令限期补办手续”的内容。

2016年修正的新《环境影响评价法》第三十一条，亦删除了原环境影响评价法“限期补办手续”的规定，不再将“限期补办手续”作为行政处罚的前置条件，但并未禁止建设单位主动补交环境影响报告书、报告表报送审批。

因此，环保部门应当首先对“未批先建”违法行为作出处罚，限期补办不再是对“未批先建”行为免于处罚的条件，更不能作为借口，也不再是环保部门对“未批先建”违法行为进行处罚的前置条件，即一旦发现有“未批先建”的情形，立即做出处罚。

生态环境主管部门依法对“未批先建”违法行为进行处罚的同时，还应当依照《建设项目环境保护管理条例》第十一条的规定的五种情形，开展技术评估，甄别是否对此建设项目作出批准的决定。

只要有以上五种情形中的任何一种的，环保部门都不能做出批准该建设项目的决定，并且还可以依法责令恢复原状。

因此，对于已经被环保部门发现是“未批先建”的建设项目，建设单位组织编制建设项目环境影响报告书或者报告表的编制方法和内容，也应当是着重证明该建设项目选址、布局、规模等是否符合环境保护法律法规和相关法定规划。

还要看看，该建设项目所在区域环境质量是否达到国家或者地方环境质量标准，并且建设项目拟采取的措施是否满足区域环境质量改善目标管理要求。

还要看看，建设项目采取的污染防治措施是否能够确保污染物排放达到国家和地方排放标准，或者是否采取必要措施预防和控制生态破坏。

还要看看，建设项目的环境影响报告书、环境影响报告表的基础资料数据是否属实，内容是否存在重大缺陷、遗漏，或者环境影响评价结论不明确、不合理。

对于改建、扩建和技术改造项目，还要看看，是否针对项目原有环境污染和生态破坏提出了有效的污染防治措施等等。

建设单位主动报批其环境影响报告书或者环境影响报告表的，有审批权的环保部门应当受理。

依法需申请排污许可证的“未批先建”建设项目，应当依照国家有关环保法律法规和《排污许可管理条例》的规定，在规定时限内完成环评报批手续。

各级生态环境主管部门应当通过依法查处“未批先建”违法行为，依法受理和审查“未批先建”建设项目环评手续，将所有建设项目依法纳入环境管理，为实现排污许可证“核发一个行业，清理一个行业，规范一个行业”提供保障。

2018年2月22日，原环境保护部发出《关于建设项目“未批先建”违法行为法律适用问题的意见》（环政法函〔2018〕31号），2月24日又发出《关于加强“未批先建”建设项目环境影响评价管理工作的通知》（环办环评[2018]18号）。

以上两个文件都明确指出，“未批先建”违法行为自建设行为终了之日起二年内未被发现的，依法不予行政处罚。

以上两个文件也同时规定，环保部门受理建设单位主动补交环境影响报告书、报告表进行审查的前提，也是要求“未批先建”违法行为自建设行为终了之日起二年内，未被发现而未予行政处罚的。

并且还要求，建设单位同时存在违反“三同时”验收制度、超过污染物排放标准排污等违法行为的，应当依法予以处罚。建设单位同时存在违反环境保护设施“三同时”和竣工环保验收制度等违法行为的，应当依法分别予以处罚。